鳳凰旅遊要在小琉球白沙尾漁港斥資5億元興建高級飯店，引起部分居民質疑縣府環境評估和建照核發正當性。關心的居民組成自救會，反對建商規劃的10層樓高建築破壞小琉球自然人文地景，並批評縣府面對環境生態衝擊，未考量如何讓小琉球觀光永續，卻引入外來業者破壞當地生態平衡。
面對居民質疑，開發業者強調本案為合法取得建照，根據其公司規劃，將興建10層樓、60個房間的高單價飯店，提供高端遊客服務，協助小琉球提升旅遊品質。業者表示，該公司是抱著愛護小琉球的心態進行開發。
事實上，小琉球觀光長期以來是以在地民宿為主的模式，結合深度生態導覽與潮間帶體驗等遊程，創造出獨特的小琉球觀光特色，在地業者也因此凝聚保護海洋環境的共識。
自救會指出，目前當地民宿有400多間，一直維持本地商家共榮、人與環境共生的機制。然而這樣的機制很可能會因鳳凰旅遊的高級飯店進駐而被打破。
縣議員蔣月惠說，「有第一間就會有第二間」，恐將帶來無止境的開發。她表示，面對小琉球不斷爆增的登島人數，海洋資源遭受蹂躪，縣府應提出遊客量管制辦法，維持地方生態平衡發展。
調查：小琉球潮間帶生物密度五年減五成
根據屏東縣政府去（2019）年委託中山大學進行小琉球環境衝擊的生態調查指出，在觀光人潮持續增加下，小琉球當地生態已嚴重下降，潮間帶的生物密度較五前年同期至少減少五成以上。水質和珊瑚礁調查也顯示，環境惡化很可能是過多民宿的生活廢水所造成，對潮間帶生物帶來負面影響。
中山大學在報告中提出應「設置生態走廊、繁殖期禁夜間導覽、加強遊客流量管制、徵收保育費」等改善建議。
對此，縣府海洋及漁業事務管理所表示，部份管理措施已於今（2020）年開始試辦，包括魚埕尾潮間帶設置導覽路徑和保護區，杉福潮間帶的導覽路徑也將於年底實施。
而為加強遊客進入潮間帶的總量管制，現由縣府聘員於日間退潮時段在管制站進行人數管控與入場登記。魚埕尾、杉福與肚仔坪潮間帶皆設有管制站，但另二處蛤板灣及龍蝦洞因入口範圍廣大，而無設置。
潮間帶管理屢引發爭議 導覽人員管理辦法遲未公告
目前三個潮間帶由小琉球自然人文生態觀光協會協助縣府進行管理，管制站人員雖為縣府聘用，卻無實質的行政權責。協會理事長陳文玉說，管制站人員並無公權力，面對違規的遊客或導覽人員，只能規勸或報請海巡單位處理。
事實上，小琉球自2015年公告設立「自然人文生態景觀區」後，潮間帶的管理一直成為爭議。由於主管機關未依據《自然人文生態景觀區專業導覽人員管理辦法》進行公告，而現行縣府採用《漁業法》劃設「琉球海域水產動植物繁殖保育區」，來管制進入潮間帶的導覽行為，部分導覽人員認為於法無據，且欠缺專業的管理機制。
資深導覽員、前小琉球生態旅遊發展聯盟執行長曾毓文說，潮間帶保護區的管理辦法，應依法公告、落實管理，現在管制站雖由縣府聘員控管入場人數，但相關公告辦法既於法無據，現場管理方式也屢引發爭議。
陳文玉則說，目前確實未能依《自然人文生態景觀區專業導覽人員管理辦法》公告，希望政府能適時提出。但在那之前，在地團體依據現行制度，透過集體共識，來保護潮間帶資源。
他認為小琉球潮間帶已面臨非盡快保護不可的局面，因此希望用更積極的作法劃設禁入區及冬季休養期。
另外，學術研究單位提議徵收保育費來強化管理。但誰該來處理，要以何種機制來進行，陳文玉希望政府能盡快研議相關辦法，透過合理收費，來達到有效管理，復育潮間帶的生物多樣性。
日益改變的小琉球，想要何種旅遊品質？
鳳凰旅遊將進入小琉球興建旅館，引發在地居民憂心影響當地生態，改變小琉球的觀光發展模式。陳文玉說，應該關心的是整體自然環境是否受到傷害，業者既然合法申請開發，在建築基地安全和污水方面要求其依法做好處理。
他表示，島上有八成非法民宿，小琉球的整體環境受到廢水排放所影響，不會只是單一業者的問題，為了生態永續，都應該做好監督和把關。
曾毓文也說業者投資合法興建旅館，沒有什麼好反對。但業者應做好地質結構探勘，避免影響到鄰近住家安全。他說，白沙尾漁港附近為特殊沙質地形，從前白沙尾到魚埕尾之間是大片綿延的白沙，如今都開發成漁港、商店和民宿。
相較之下，他更憂慮島上不受控管的大量非法民宿，以及土地變更管制鬆散，甚至深入保護區範圍。破壞海岸的水泥、非法興建民宿和不顧品質的導覽行為，數十年來他看盡小琉球如何遠離曾經美麗的島嶼。
「小琉球要什麼樣的旅遊服務品質？還要再招攬大量的遊客嗎？」曾毓文說，「讓100萬人登島賺到10億元，何不只做10萬人就能賺10億元？這樣的經濟效益更高，且付出的環境成本較低。這才是適合小琉球的永續觀光模式。」
